Użycie pliku konfiguracyjnego z rozszerzeniem .mtxcfg powoduje, że interfejs graficzny otwiera plik konfiguracyjny w odpowiednim narzędziu. Jakikolwiek plik z innym rozszerzeniem jest traktowany jako plik wejściowy, jest otwierany w edytorze rozdziałów lub edytorze nagłówków zależnie od ustawionego trybu. Tryb może być zmieniony opcją --merge, --edit-chapters lub --edit-headers. Domyślny tryb to dodawanie plików celem muksowania.

Zauważ, że jeśli już program działa, a będzie on jeszcze raz ponownie uruchomiony, to wszystkie nazwy plików w linii komend zostaną przejęte przez już działającą instancję programu.

--merge

Wszystkie następujące nazwy plików zostaną dodane jako pliki wejściowe to obecnego zadania muksowania. To jest tryb domyślny.

--edit-chapters

Wszystkie następujące nazwy plików zostaną otwarte w edytorze rozdziałów.

--edit-headers

Wszystkie następujące nazwy plików zostaną otwarte w edytorze nagłówków.

-h, --help

Pokazuje informacje o sposobie użycia opcji i zamyka się.

-V, --version

Pokazuje informację o wersji i zamyka się.